Avantage par rapport à d’autres logiciels de retouche en ligne, Pixlr est doté d’une palette Calques. Si celle-ci ne comprend pas toutes les options disponibles sur un logiciel du type Photoshop, elle est pourvue d’assez de fonctions pour réaliser des projets avec plusieurs couches. Il est possible de dupliquer, fusionner, faire pivoter ou pixelliser les calques. Toutes ces options se trouvent dans le menu Calque. D’autre part, un réglage d’Opacité et une liste de modes de fusion, activée en haut
de la palette lorsqu’un calque est sélectionné, permet de mélanger ses pixels avec le calque inférieur. Tout comme chez les homologues payants, une boîte de dialogue Style de calque, accessible en cliquant sur le bouton dédié, en bas de la palette, rend possible l’application d’ombres portées, de lueurs ou de reliefs. Chaque paramètre est doté d’une zone de réglages. Le bouton dédié s’affiche sur le calque indiquant l’application du style. Pour revenir sur les paramètres, il suffit de cliquer deux fois dessus.